Le rapport sur les comptes annuels est le document par lequel le commissaire aux comptes, après avoir mené son audit, émet son opinion.
Sur la base de ses diligences, des réponses obtenues à ses interrogations et des corrections qui ont pu être apportées aux comptes, il émet un rapport dont la conclusion peut être la suivante :
- Certification dite « pure et simple »
- Certification avec réserve(s)
- Refus de certifier
L’objectif principal de la mission du commissaire aux comptes est la certification des comptes annuels. Ainsi, il met en œuvre toutes les diligences nécessaires et demande tous les ajustements nécessaires pour permettre la certification sans réserve des comptes annuels.
Dans certains cas, et ce, malgré l’ensemble des démarches entreprises, il peut subsister des points qui l’empêchent de certifier (désaccords sur certaines problématiques comptables, limitations, etc.). Selon les cas et le caractère significatif des points, il émet un rapport de certification avec réserves ou un refus de certification.
Concernant la forme du rapport, ce dernier est normé et comprend ainsi de façon obligatoire trois parties relatives :
- à la certification des comptes ;
- à la justification des appréciations ;
- aux vérifications et informations spécifiques prévues par les textes légaux et réglementaires.
Dans la première partie, le commissaire aux comptes émet son opinion sur les comptes (certification, certification avec réserve(s), refus de certifier).
Dans la seconde partie, il doit justifier de ses appréciations. La « justification des appréciations » effectuée par le commissaire aux comptes constitue une explicitation de celles-ci et, ce faisant, une motivation de l'opinion émise. Elle doit permettre au destinataire du rapport de mieux comprendre les raisons pour lesquelles le commissaire aux comptes a émis son opinion sur les comptes.
Enfin, dans la troisième partie, il relate des résultats de ces diligences relatives aux autres vérifications. Il s'agit pour l’essentiel de la vérification du rapport de gestion établi par la Direction, de la vérification des documents adressés aux membres, de la vérification des informations relatives aux prises de participation et aux prises de contrôle intervenues au cours de l’exercice.
À noter enfin que le commissaire aux comptes, dans son rapport, peut émettre des observations. Conformément à la faculté qui lui est donnée par l’article R. 823-7 du Code de commerce, le commissaire aux comptes formule, s’il y a lieu, toutes observations utiles lorsqu’il certifie les comptes sans réserve ou lorsqu’il assortit la certification de réserves. En formulant une observation, le commissaire aux comptes attire l’attention du lecteur des comptes sur une information fournie dans l’annexe. Il ne peut pas dispenser d’informations dont la diffusion relève de la responsabilité des dirigeants.